联盟的最高机构为联盟理事大会。联盟设立理事会和秘书处，理事会是决策与指导机构，秘书处是日常运行机构。

理事会由成员单位推荐选举代表组成, 主要职责如下：

（一）制定和修改联盟章程；

（二）选举和罢免领导机构成员；

（三）制定联盟年度工作方案；

（四）审议联盟年度工作报告；

（五）审议通过联盟常务理事会或理事提出的议案；

（六）制定联盟基本规章制度。

理事长、副理事长等常务理事，组成常务理事会，其主要职责是：

（一）执行理事会决议；

（二）实施联盟年度工作方案；

（三）根据联盟发展实际，提交联盟发展有关议案；

（四）决定理事会召开的时间、地点和审议的主要内容；

（五）在理事会闭会期间,讨论和决定联盟的有关重要事项；

秘书处是联盟理事会及其常务理事会的常设办事机构,办公地点设在浙江省高等学校师资培训中心，其主要职责如下：

（一）负责联盟年度工作方案的落实；

（二）收集、发布联盟活动信息；

（三）负责联盟的宣传和档案管理等工作；

（四）筹备组织理事大会和常务理事会议，负责起草会议文件，撰写工作报告；

（五）创办联盟网站并维护其正常运行, 负责联盟的联络工作；

（六）负责联盟财务管理工作。